Udviklingen af Køge Kyst sker gennem partnerselskabet Køge Kyst P/S, som ejes af Køge Kommune (50 %) og Realdania By & Byg (50 %).
I 2009 stiftede Køge Kommune og Realdania By & Byg (daværende Realdania Arealudvikling) partnerselskabet Køge Kyst P/S med en bestyrelse, bestående af medlemmer, udpeget af begge parter. Ved stiftelsen af Køge Kyst var selskabets egenkapital 240 mio. kr., og selskabet ejes ligeligt af Køge Kommune og Realdania By & Byg (hver 50 pct.).
Partnerselskabskonstruktionen kan sidestilles med et aktieselskab med tilhørende regler om vedtægter, bestyrelse, minoritetsbeskyttelse mv.
Køge Kyst-projektet bliver i dagligdagen ledet af en projektdirektør og et tilhørende projektsekretariat, som naturligvis arbejder tæt sammen med Køge Kommune og Realdania By & Byg.
Alle væsentlige beslutninger kræver enstemmighed mellem parterne. Hverken Køge Kommune eller Realdania By & Byg har på den måde bestemmende indflydelse i selskabet, og kan ikke træffe beslutninger uden der er enighed herom.
